vise la Lune, au pire tu toucheras les étoiles

Parfois, il faut rêver. Rêver que tout peut bien se passer. Rêver qu'on peut faire de grandes choses. Certains diront que c'est de l'utopie. Je me dis que c'est l'Espoir, avec un grand "E".

Une envie. Celle d'aller vite. Vite et bien. Mener à bien son rêve, son utopie, son Espoir pour enfin sortir du rêve, se réveiller, entrer dans la réalité. On commence petit, on espère finir grand. Je pars de peu, j'espère aller loin, gravir mon Everest.

Vise la Lune, au pire tu toucheras les étoiles, F. Dubosc

J'ai entendu cette citation par hasard, l'autre soir alors que je zappais devant le vide intersidéral de la télévision. Je suis tombée sur une émission moins pire, peut être, que les autres, et moins démoralisante que les émissions d'Arte sur les guerres et autres faits tristement célèbres de notre actualité, présente et surtout passée. Bref, je tombe sur cette émission, il y a des chansons et Frank Dubosc. Cette métaphore m'a parue jolie et absurde aussi, un peu. Les étoiles sont plus loin que la Lune. Mais ce n'est pas grave, c'est l'idée qui compte, sa poésie.

Ces quelques mots ont commencé à sonner dans mon esprit tels un leimotiv.

Ma Lune, c'est de faire avancer la recherche. Et j'ai atteint ma première étoile. Les travaux auxquels j'ai apporté ma contribution, mes petites mains de débutante, un certain été 2008 vont être publier. L'article a été accepté dans FEBS letters. Et j'attends le scintillement de cette première petite étoile.

Je me lance à l'assaut de la suivante...

Groupe d'étoiles (source : HubbleSite)

la mitose vue de près

J'ai découvert la microscopie, et je trouve ça magique. On est au plus près de nos cellules. Nos petites "ouvrières"... Je suis loin d'être une pro, et le logiciel du confocal a encore de nombreux secrets à me révéler. Mais je progresse, petit à petit.

Ci-après, quelques acquisitions que j'ai faites, pour m'amuser. Des grossissements sur les jolies phases de mitose. L'ADN est en bleu (Hoechst) et en vert, il s'agit d'un marquage des facteurs NF-kappaB.

pix' 1 : métaphase

pix' 2 : anaphase

au coeur de la fission cellulaire

Après "cherchez Charlie", voici "cherchez les mitoses" :)

Je me suis mise à la microscopie confocale avec mes cellules humaines (pas les miennes, enfin les mienne qui ne sont pas à moi...). Et j'ai eu la chance de voir quelques jolies mitoses. Ce champ en possèdent plusieurs, saurez-vous les retrouver et les nommer ? 

pix' : noyaux de cellules HEK93T coloré au Hoechst

Je suis désolée pour la mauvaise qualité, mon image est saturée en Hoechst par endroit, mais c'est ma lame qui devait avoir un défaut :s

brèves de paillasse

« aaaaaaaTCHA !... tu crois que mes cellules, elles peuvent attraper un rhume ? » « boh, pas sûre, c’est des cellules d’insecte… c’est quand même assez spécifiques, les virus » ^^


« j’ai mal à la tête… c’est ce rhume qui me bouche le cerveau » -.-‘

« oh ! la lune ! » (en regardant des images de microscopie à fluorescence, y en avait une avec comme une grosse boule)

« il me semblait que c’était plus beau hier » « ben c’est qu’à force de regarder de la merde, on s’y habitue » (toujours en microscopie, avec délicatesse)

« pfff… mes cellules ont encore de la visite » (en parlant des bactéries contaminantes)

de l'esprit de déduction

round 1
"Pour faire du DMEM 10% SVF, c'est quelle bouteille que je prends ? Celle où c'est écrit foetal bovin serum ?" "Ca veut dire quoi SVF ?" "serum de veau foetal" "Donc t'en déduit ?..." -.-'

round 2
"Mince ! Presque plus de cônes p1000 et il m'en faut 16... 3x12..." tip tip tip (calculatrice)... 36 :)

Mauvaise en anglais... même pas bonne en maths (mais ça, on le savait déjà)

"...et on élu par gravitation"

"Heu, par gravité tu veux dire ?" :)

Moi, ou comment se faire remarquer en stage quand il s'agit de réfléchir comment on va faire notre purif' avec Gilles. On dira que c'est juste un peu la fatigue de fin d'année, même si on y croit à moitié ! ;)

Cela fait donc 2 semaines que j'ai sauté à pied joint dans mon deuxième stage de l'année.
Objectif : avoir l'air un peu plus intelligente quand je parle d'enzymologie. Mais ce n'est pas gagné, loin de là ! J'essai de ne pas couler, mais là j'en suis au stade où j'enfile le masque et le tuba pour tenter veinement de gagner quelques centimètres sous la surface, d'ailleurs si quelqu'un a une tige de roseau pour que j'imite Moustique dans Merlin l'Enchanteur, ça m'aiderai drôlement :)

Pour l'instant, j'ai fait quelques tests d'enzymo pour voir comment fonctionne mon enzyme répondant au doux nom de 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase, DAHPS pour les intimes (et uniquement). C'est une enzyme qui intervient dans la shikimate pathway. Mais je vais vous épargner tout ce jargon de biochimiste que je ne maîtrise pas encore totalement... Jusque là, mon travail a consisté à mettre mon enzyme à différentes concentration dans une petite cuve en quartz et à suivre sa consommation en PEP à 232 nm (dans les UV, quoi), j'ai regardé comment elle se comporte si je change les concentrations en substrats (PEP et E4P), et qu'est-ce qui ce passe quand je rajoute du KPi. En parallèle j'essaie aussi de trouver sa sous-unité régulatrice (si elle en a une, car on n'en est même pas sûr) en faisant des purifications sur une résine CNBr-sépharose. Mais il y a encore beaucoup beaucoup beaucoup de travail à faire. Et c'est ce qui rend ce stage encore plus intéressant !

En tout cas, une chose est sûre, c'est que je ne ferai pas de la biochimie mon métier. Ni même je prendrai l'UE d'enzymologie l'an prochain (désolée Filip, je ne tiens pas à mettre en l'air mon semestre... :) par contre on se retrouvera peut être en Biologie à Haut Débit). Mais bon, les meilleurs biologistes sont aussi des biochimistes, alors j'essaie tant bien que mal à me convertir un minimum à cette partie de la biologie... Il paraît que l'espoir fait vivre, non ?! :)

dernières hostilités

15h, vendredi 29 mai. Le rapport de stage est remis à la scolarité de l'UFR de biologie. Une bonne chose de faite. Non sans mal et encore moins sans stress. Surtout quand les dernières corrections de Marie-Odile, arrivent le jeudi soir, à 23h30.

Dans la nuit de jeudi à vendredi, je me rend compte d'une correction que j'ai oublié de faire. Le vendredi, 7h23, mon PC ronronne. Un coup d'oeil à mes mails pour voir le retour de Marie-Odile. Encore quelques modifications par-ci par-là. Je fais les dernières modifications sur le rapport, en buvant mon thé agrumes qui me semble bien âpre et à peu près aussi fluide qu'une purée trop peu diluée.

8h35. J'arrive au labo avec ma dernière version.

9h. Je suis dans le bureau de Marie-Odile pour revoir le résumé. Comment passer de 17 lignes aux 12 demandées ? Bataille pendant au moins 30 minutes. J'ai l'impression d'avancer sur le chemin des dames, et qu'un peuple d'infâmes araignées vient tendre ses filets au fond de [mon] cerveau. Spleen et Ideal. Baudelaire raisonne en moi au rythme de ses longs corbillards sans tambour ni musique. Je ne touche pas terre. J'ai le coeur qui bat dans le crâne. Les mains moites et la langue pâteuse. L'impression que cela ne finira jamais, que ce rapport ne sera jamais abouti. Le sera-t-il un jour ? Je crois que l'on ne termine jamais totalement quelque chose de cette sorte. Il a toujours quelque chose que l'on pourrait améliorer.

Je quitte Marie-Odile. Je m'installe sur le PC d'Elodie. Le ronronnement de la tour. Puis plus rien, ça plante. Génial. On débranche, on rebranche. Ca repart. Ouf. Je fais mes modifications, je re-rédige mon résumé. On relit une fois, on s'assure que les pages annoncées sur le sommaires correspondent à celles du rapport. Ca me semble bien. On lance l'impression. Enfin. On relit les rapports. Un pour la fac, un pour le labo, un pour moi. Soulagement. Je souffle. L'enclume qui me comprimait les poumons se volatilise. Plus d'enclume, un grand vide, comme si on oubliait quelque chose.

Mais non, je n'oublie rien. J'en ai juste fini avec mon rapport.

Merci à vous, Dom, Elodie et Marie-Odile pour ces maintes relectures et corrections apportées à mon papier. J'espère que le résultat sera à la hauteur du travail que nous avons founit et de tout ce temps que vous m'avez généreusement accordé.

Régulation de la voie NF-kappaB/Imd par la déubiquitination

Etude de la déubiquitinase dUSP36

La suite et fin, ce sera le 8 juin, 11h30. Heure de ma soutenance de stage. Avant ça, je dois affronter le labo, m'entraîner devant eux. Pour que ma prestation orale soit...

...parfaite. (?)

rapport de stage, j-6

C'est passé tellement vite, ce stage. Nous sommes déjà le 23 mai, et c'est le 29, soit vendredi prochain, qu'il faut rendre le rapport de stage. :s Je n'ai pas vu le temps passer, entre les manipes qui réussissent, celles qui ne réussissent pas, celles qu'on espère qu'elles vont réussir... Entre journées bien remplies et journées plutôt tranquilles. Entre les nuits où l'on rêve que notre western blot fonctionne à merveille et celles où on se réveille en sursaut : "mince, j'ai oublié de passer les cellules vendredi !". Je me lève plus tôt le matin, je m'habille en 2-2. Je fonce au labo sur ma Rossinante à 2 roues. C'est avec une boule dans le ventre, à moins que ce soit carrément une boule de bowling, que j'arrive au labo, je descend les marches 4 à 4 jusqu'à la salle de culture cellulaire. "Pourvu que les cellules soient encore en bon état !". J'ouvre l'étuve. Un coup d'oeil au microscope. Ouf ! Y a du monde dans le flacon, mais ces chères cellules de drosophile sont en forme. La boule à l'estomac s'en va, comme par enchantement. C'est l'esprit serein, ou presque, que je m'installe sous la hote pour faire le passage de mes cellules, avec juste 3 jours de retard. Finalement, c'est costaud, ces cellules d'insecte, et heureusement que ce ne sont pas des cellules 3T3, plus sensibles ! :)

Ma paillasse. Mon domaine. Mes pipetmans, fidèles serviteurs. La P2 dont on se sert peu, finalement, et la P200 que l'on sollicite tout le temps. On la trimbale partout, et on fini par l'oublier quelque part, dans le labo de biochimie ou dans une chambre froide. Ah, la chambre froide, antre aux murs pâles. Comme quoi, l'Homme n'est pas si résistant que ça au froid. Rester à 4°C une demi-journée complète pour faire une purification de protéines qui ne marche pas, ça ne vous fortifie pas, ça vous permet juste de choper un rhume, et les nerfs ! :( Mais c'est là tout le charme de la recherche en biologie. Une manipe ne marche pas, on s'acharne, on recommence encore et encore, on change les conditions. Et un jour ça marche. Ô joie ! On refait la manipe pour confirmer le résultats. Ô tristesse, ça ne marche pas, à nouveau... :'(

pix' : gel de protéines coloré au Coomassie, réalisé par mes petites mains à moi

pour trier tes mouches :

• la taille tu regarderas,
• la couleur de l'abdomen tu verras,
• la corolle tu devineras,
• et avec tout ça, les mâles des femelles tu différencieras...

pix' : têtes de drosophiles Wild-Type et Antennapedia prises au microscope électronique à balayage

votre mission, si vous l'acceptez...

... et de parvenir à faire digérer votre plasmide par vos enzymes de restriction !

Parce que j'ai un super plasmide avec mon joli petit gène d'intérêt dedans (enfin, je crois...), et que j'arrive pas en l'en sortir pour le mettre dans un autre plasmide afin de le faire surexprimer dans des cellules de Drosophile ! :( Et je n'ai que 2 sites de restriction que je peux utiliser pour y parvenir, et donc 2 enzymes que je dois utiliser, et pas d'autres !
On a tout essayé :

• changer le tampon de digestion,
• faire la digestion en 2 temps, une enzyme après l'autre chacune dans son meilleur tampon,
• refaire le tampon de migration,
• on a vérifié la séquence des oligos pour les PCR,
• ...

Vraiment, on ne sait plus quoi faire !

Du coup tant pis, on laisse la manipe de côté. On oublie un moment la bio mol et on passe à de la bio cell. Histoire de se changer les idées. Se rafraîchir les neurones...

Et si, finalement, les Shadok avaient raison ?...

les surprises de la recherche

Parce que je suis trop heureuse. Parce que la vie réserve parfois d'agréable surprises. Parce que j'ai l'impression que tout va bien en ce moment. Parce que j'ai l'impression d'avoir contribué à quelque chose cet été au LPCV sous la houlette de Gilles Curien. ;)

J'ouvre ma boîte mails il y a 40 min. Vous avez un nouveau mail. Gilles Curien. Tiens ? les surprises de la recherche... J'ouvre. Quelques minutes plus tard, le temps de réaliser, de relire le mail pour être sûre. Je saute de JOIE. J'ai contribué à quelque chose ! J'ai contribué à l'avancée de la recherche !

N'ayant pas le droit de révéler quoi que ce soit sur mes travaux réaliser cet été, j'ai codé les mots essentiels. Ainsi, ***ase représente une activité enzymatique, et ¤¤¤ase en représente une autre. De même, Atxgy et Atwgz représentent des nom de protéines, Atxgy est celle sur laquelle j'ai travaillé cet été.

mail reçu tout à l'heure

Un étudiant en thèse travaille sur la ***ase de plante pour laquelle il n'y avait jusqu'à vendredi aucun AGI identifié. Cette enzyme est pourtant essentielle chez les plantes puisqu'elle fournit la totalité des précurseurs pour la synthèse [de certains] acides aminés. Notre thésard a purifié l'enzyme à partir de cellules d'Arabidopsis et a fait faire une analyse par spectre de masse de la fraction la plus pure. Parmi la dizaine de protéines identifiées on retrouve l'Atxgy et l'Atwgz et deux autres enzymes. Afin d'exclure la possibilité que ces enzymes soient des ***ases notre ami les a mis dans un spectro....et là surprise, l'Atxgy a bien une activité ***ase... foudroyante ! cela explique pourquoi l'activité ¤¤¤ase que nous avions détecté était si faible. Il s'agit en fait d'une activité résiduelle. De la torres et al se sont "trompés"... l'avantage pour notre étudiant est que son enzyme est déjà clonée et les conditions d'expressions mises au point ! ... Tu peux donc attendre un papier dans lequel ton nom figurera en 2009 !

Voilà, je suis heureuse ! C'est compréhensible !

stage2... semaines4 et 5...

Voilà, j'ai fini mon second stage vendredi, à 17h. :'( Je me plaisais bien, moi, dans ce labo ! Une équipe très sympathique (que je n'ai pas beaucoup cotoyée, car la plus part était en vacances lors de mon stage) et dynamique, beaucoup d'humour, et surtout, je me sentais vraiment intégrée. En 5 semaines de stage, j'ai fait beaucoup de chose, appris énormément et fait quelques bourdes ! ;) Mais bon, quelques bourdes pas trop compromettante puisqu'à chaque fois, je suis retombée sur mes pieds, et que l'on a eu des résultats valides ! :)

Dernière bourde en date : je purifiais de l'ADN, l'ADN est quand même assez fragile, et il faut faire attention de l'éluer dans des solutions (des tampons, pour être exacte) adaptées pour qu'il ne se dégrade pas. Par exemple, on évite de l'éluer dans de l'éthanol, car l'ADN n'aime pas du tout l'éthanol et s'y dégrade plutôt rapidement... Hum... Ben j'ai pris la mauvaise fiole et j'ai élué mon cher ADN dans l'ETHANOL ! Argl ! :( Mais j'ai pu rattraper mon coup et récupérer (un peu ?) d'ADN. Ouf ! Après, avec Gilles, on en a bien rit, mais vraiment, sur le moment, je ne riais pas du tout ! J'en ai même presque pas dormi de la nuit ! Et dire que le matin même, Gilles disait que j'avais fait un "stage d'excellence" (héhé !) ! :)

Enfin bon, comme on dit : on apprend de ses erreurs. Et Gilles m'a rassuré en disant que lui aussi, ça lui arrive de faire des bourdes, quand il est pressé, quand il n'est pas concentré à 100%, et il m'a dit aussi que tant que pour une manipe, je n'aurai pas fait toutes les erreurs possibles, c'est que je n'aurai pas encore suffisamment fait la manipe en question ! Ben j'ai encore du chemin ! ;)

Mais une autre leçon que je tire aussi, mais de tout l'été, c'est que je n'enchainerai plus 2 stages comme ça, à la suite ! Car si c'est vraiment passionnant, et enrichissant, c'est aussi fatiguant car cela demande pas mal de concentration et un rythme "scolaire" avec des "devoirs" en prime (lecture de publications, rédaction des rapports de stages). Bref... L'été prochain, je ne sais pas si l'été prochain de referai l'expérience. J'aurai déjà les 2 mois de stages prévus dans mon cursus, donc au mieux, je ne ferai qu'un petit stage de 1 mois dans l'été. Car aussi d'autres choses de prévues (Paris, cheval...), mais on n'y est pas encore... ;)

stage2... semaines2 et 3...

Je n'ai pas fait la synthèse de ma deuxième semaine de stage... Pas le temps le week-end car pas chez moi, donc pas internet, puis après un peu la flème de rédiger... mais je vais essayer de me rattraper ! ;)

J'avais fait un petit post sur ma bourde lors de la semaine n°2, l'histoire des bactéries, que j'ai laissées 30 sec sur la glace au lieu de 30 min. Et bien malgré ma bourde, on a quand même eu des résultats positifs ! Ouf :) On a donc pu poursuivre les manipes, et ne pas avoir à tout recommencer ! C'est une bonne chose ! En fait, nous avions réaliser 3 clonages différents (en français dans le texte : on a pris 3 morceaux d'ADN différents que l'on a mis des des bactéries séparées. Suis pas sûre que ce soit très clair, mais bon, peux pas faire mieux !), et pour seulement 2 on a eu de bons résultats, pour le troisième, le problème doit provenir de l'enzyme utilisée, mais pas sûr... Bref, on a repris ce clonage à zéro ce lundi ; dans la même journée : PCR, digestion/ligation dans le plasmide et transformation des bactéries ! Mardi, on avait des colonies blanches (encore le test blanc-bleu bien pratique...), mais on n'a pas encore eu le temps de les analyser car pas mal de choses en même temps, et d'autres prioritaires...

Jeudi, pas grand chose. A part mettre des bactéries en culture le matin (total temps = 30 min), je n'ai plus maniper. J'ai juste regarder Gilles faire des tests de cinétiques qui semblaient l'amuser. Je ne vois pas bien en quoi, mais bon. J'ai un peu (essayé) de réviser mon enzymo, discipline à laquelle je suis relativement "allergique", probablement du à la méthode soporifique par laquelle on nous l'apprend en cours (une série d'équations, en somme). Bref, j'ai peu être appris quelques petites choses quand même ! :)

Mais vous vous demandez peut être "qu'est-ce que c'est que ces choses bizzares en guise d'illustration ?". Et bien ce sont des molécules que j'ai colorisées avec le logiciel PyMol. En haut, c'est une aspartate transaminase eucaryotique à laquelle est liée le pyridoxal-5'-phosphate, et plus bas, et bien c'est un petit bout d'une double hélice d'ADN ! ;p

brain, or...

...Not brain ?

Et bien, je serai vivement tentée de dire sans cerveau, et faudrait sérieusement que j'envisage d'en acheter un ! :s

Jusque là, au labo, ça allait, pas de vraie bêtise. Mais tout a un début... Et ce début, c'est aujourd'hui ! :(

Je vous re-situ le contexe... J'ai un gène qui m'intéresse, et je souhaite le cloner dans une bactérie pour qu'elle en produise la protéine (à plus long terme). Pour y parvenir, il faut que je fasse rentrer l'ADN dans la gentille petite bactérie répondant au doux nom de XL-Gold, pour cela j'ai un protocole très simple à réaliser une fois que j'ai "mélangé" mon ADN et mes bactéries : je laisse 30 min sur la glace, puis je fais un choc thermique pendant 30 sec à 42°C, puis re-sur la glace pour 2 min, après quoi je leur donne à manger (milieu de culture, quoi), puis incubation 30 min à 37°C. Pas de quoi casser 3 pattes à un canard, donc. Et pourtant, si ! Moi, j'arrive à trouver 3 pattes à un canard et à les lui casser (à moins que ce soit une dinde...) ! Tout simplement, j'ai zappé les 30 min sur la glace du début, et je les y ais laisser... 30 sec ! Et ce n'est pas la première fois que je la fais, cette transfo, et je ne me suis jamais plantée !!!!

Les résultats demain... on verra bien ce qui aura poussé sur nos boîtes... Si j'ai des colonies blanches, ce sera un miracle car cela signifiera que j'aurai réussi quand même, malgré ma bêtise, à faire ma transfo... Mais je reste assez pessimiste... :(

stage2... semaine1...

Voilà, j'ai commencé mon second, et dernier stage de l'été. pour ce stage, je suis au CEA, dans le groupe de Métabolisme du laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale (lpcv), plus précisément, dans l'équipe "acides aminés essentiels" dont le responsable est Renaud Dumas, mais mon maître de stage est Gilles Curien.

Le but de l'équipe est de caractériser les relations structures/fonctions d'enzymes allostériques intervenant dans les voies de biosynthèses des acides aminées essentiels chez la plante.

Cette semaine, pour moi, c'était prise de mes marques dans le labo, me familiariser avec les manipes que je vais effectuer tout au long du stage. Nous ne nous sommes donc contenté que d'une seule protéine à la fois (nous n'en sommes pas encore à l'expression des protéines, mais bien en amont puisqu'on en est à essayer d'amplifier par PCR et cloner dans des bactéries les gènes codant pour nos protéines). Mais je dois parler chinois pour ceux qui ne sont pas "familiarisés" avec le jargon... ;)

A partir de la semaine prochaine, ça se corse, et sérieusement même, puisqu'on va faire plusieurs PCR, clonages à la fois, mais je suis là pour ça, me mettre à l'épreuve ! ;)

Pour l'instant, je me plais bien dans l'équipe (qui se réduit, vacances obligent, à Gilles, Renaud, Adeline la cristallographe et moi) où l'ambiance est plutôt sympatique. :) Et puis on me laisse pas mal de liberté, Gilles me dit ce qu'il y a à faire, et après je me "débrouille". Mais je l'appelle souvent à la rescousse quand même ! ;) Manque de confiance en moi ? :(

stage1... semaines3 et 4

Voilà, le premier stage est achevé. D'ici la fin de la semaine, je vais rapporter à Christelle Breton mon rapport de stage (qui est en cours d'impression au moment où j'écris ces lignes)...

Petit come back sur ces 2 dernières semaines :

Programme chargé, le moins que l'on puisse dire, c'est que je n'ai pas chaumer, et c'est tant mieux ! ;) Pendant mes 2 dernières semaines, j'ai surtout travailler avec Magali et Valérie (pour Sara qui était occupée à rédiger un article je crois).

J'ai refais des manipes vue durant les 2 premières semaines, à savoir : concentration de protéine sur résines fractogel, gels SDS-PAGE, western blot (immunomarquage), purification par chromatographie d'affinité, chromatographie d'exclusion (gel filtration).

Au final, un bilan très positif puisque j'ai gagné en assurance et compétences, même s'il reste encore beaucoup à faire ! :) Mais comme on dit "Rome ne s'est pas faite en un jour"... ;)

On a beaucoup travaillé, pour en fin de compte, ne pas avoir de résultats concluants, voire même pas de résultat du tout ! :( Ce sont les aléas de la recherche...

Autre petite parenthèse... Vivement vendredi car je vais récupérer mon relevé de note de la seconde session, et mon attestation de licence par la même occasion ! J'ai vraiment trop trop hâte !!! :)

stage1... semaine2...

Tout se passe toujours bien pour cette deuxième semaine de stage au CERMAV.
Cette fois, j'ai travaillé avec Sara, une danoise qui ne parle que anglais ; j'ai donc dû mettre à rude épreuve mon anglais très élaboré ! :) Non, en fait, tout c'est très bien passé, et je me suis rendue compte que l'on se comprend pas trop mal en fait... ;) Nous avons travaillé sur la caractérisation de glycosyltransférases qui interviennent dans la synthèse de la paroi végétale.

Malheureusement, si une partie des manipes qu'on a faites étaient concluantes, pour une grande partie, c'est même pas que ce n'était pas très concluant, c'est que l'on n'a carrément pas de résultat ! :( Du coup, lundi et mardi, avec Valérie (Sara sera en rédaction d'une publi, donc c'est Valérie qui reprend les manipes), on va tout reprendre à zéro, tester d'autres colonne de purification, prendre une autre fucosyltransférase comme modèle... En espérant que cette fois-ci, on trouve quelque chose qui fonctionne... :)

Sinon, toujours une très bonne ambiance : jeudi soir, apéro entre stagiaires et doctorants, et vendredi midi, méchoui ! Sur la terrasse, devant le CERMAV, super ! ;) Comme dit papa : "je vois que ça bosse dur !"... Ben, oui... Bah, c'est pas parce qu'on prend quelques bons moments que l'on ne bosse pas, après tout, l'apéro de jeudi, c'était le soir, quand on n'avait tous fini notre journée, et le méchoui, c'était pour "le grand ménage" des étages 1 et 3 (donc, l'équipe Glycobiologie moléculaire n'était pas concernée)... Et puis, d'abord... je n'ai pas à me justifier ! Na ! :p

Au fait, encore une chose... Lundi matin, j'ai repassé l'examen de Physiologie des grandes fonctions, et je crois que ça a plutôt bien marché ! :)

Maintenant, j'attend avec impatience les résultats, qui doivent tomber le 17 juillet, d'après ce que m'a dit la secrétaire à l'UFR de Biologie...

stage1... semaine1...

Le grand saut !

J'ai commencé mon premier stage en laboratoire de recherche ce lundi, et jusque là, j'en suis ravie ! Pendant un mois, soit du 16 juin au 15 juillet environ, je vais m'initier à la recherche fondamentale en biologie au CERMAV (Centre de Recherche sur les Macromolécules Végétales), dans l'équipe de "Glycobiologie moléculaire" sous la houlette du Professeur Christelle Breton. Enseignante que j'ai déjà croisé à mainte reprise dans mes cours magistraux depuis la première année de licence jusqu'à ma L3, et que je recroiserai probablement encore en master. Son domaine ? La glycosylation, c'est-à-dire le transfert de sucres (mannose, glucose, galactose) sur les protéines ou les lipides pour en faire ce que l'on appelle couramment des "glycoconjugués"... Si vous n'êtes pas du domaine de la biologie, je dois probablement vous parler chinois, mais bon...

Bref... Durant cette première semaine, j'ai accompagné Emilie, une étudiante en 3ème année de thèse. Son sujet : l'étude d'une lectine de la bactérie pathogène Burkholderia cenocepacia qui affecte notamment les malades de la mucoviscidose. Pourquoi étudier cette lectine ? Parce qu'elle intervient dans l'accrochage de la bactérie aux cellules des muqueuses. Le but est donc de caractériser cette (ces ?) lectine pour pouvoir, par la suite, mettre au point des traitements qui empêcheraient la méchante Burkholderia de se fixer sur les pauvres petites cellules du malades.

Donc, au programme cette semaine :

• mise en culture de bactéries (la fidèle Escherichia coli) recombinantes, c'est-à-dire qu'elles exprime notre protéine qu'elles n'expriment pas normalement (donc ici la partie N-terminale de la lectine, à laquelle est en plus ajoutée une étiquette poly-histidine) ;
• lyse des cellules pour en récupérer les protéines à l'aide d'un "broyeur de cellules" qui fonctionne en faisant varier la pression ;
• séparation et récupération de notre protéine par gel filtration sur une colonne de Ni-NTA (une matrice qui fixe les histidines que nous avons ajoutées à notre protéine) ;
• gel SDS-PAGE pour s'assurer qu'on a bien récupéré notre protéine et qu'elle est pure.

En gros, la routine... Mais pour l'instant, cette "routine" me plait bien ;) J'ai même déjà commencé à rédiger mon rapport de stage !

En parallèle de cette première semaine de stage, j'ai aussi fait mes révisions pour les rattrapages, puisque j'ai choisi d'aller en 2ème session pour le dernier semestre de licence... :(

Vendredi matin, j'ai passé la biologie structurale (que j'ai joyeusement surnommée durant tout le semestre "bio naze"), et je crois que ça s'est bien passé, en tout cas, j'étais vraiment satisfaite de moi en sortant de l'examen ;) Et j'espère que je ne serai pas déçue par le résultat, comme ce fut le cas pour la 1ère session...

Et lundi (23 juin), je remet ça ! Je repasse la physiologie des grandes fonctions, en priant que ça tombe sur la respiration et surtout pas sur le cours de Saks sur la circulation !!! :(

Je ne sais même pas quand seront les résultats de la 2ème session, ni quand est-ce que je pourrai récupérer mon attestation de licence...

Et j'attend encore et toujours ma convention pour ce stage au CERMAV !