premières neiges

7h30. Vue depuis mon balcon. Une journée qui commence dans la bonne humeur ! ;)

Vers 10h. Vue depuis la salle de TP du CUBE où je suis seule. C'était encore joli. Tout blanc partout. Mais ça n'a pas tardé à commencer à fondre. Le blanc manteau s'est peu à peu transformé en une sorte de bouillasse vert-brune... :(

Vivement ces vacances de noël, que je monte aux 2 Alpes me ragaler un peu dans la neige avec ma nouvelle tenue de ski ! :)

paillasse... quand tu nous tiens...

Vendredi. 10h. Je poireaute devant ma paillasse en attendant la fin de mon Heat Shock (hé ! ça fait de suite plus mieux pro de mettre des pseudo mots anglais dans des pseudo phrases que vous êtes seul à comprendre). Il semblerait même que les étudiants aient déserté le CUBE (là où on fait nos TP, à l'UFR de Bio), on est 4 sur tout le premier étage. Ils ne sont guère plus aux suivants... En fait, je crois que certains sont encore en train de chercher, en vain (?) sur le net des info pour parvenir non sans mal à bacler, oups, je voulais dire "boucler" leur étude de cas de l'UE Biotechnologie à remettre avant 17h, le même soir ! :p Et moi, j'attend encore pour pouvoir faire mes petits dépôts en gouttes de 5 µl sur mes boîtes de pétri, non sans mal, surtout quand on a un pipetman merdique (les gouttes remontent sans cesse sur les parois du cône quand je tente de faire mes petits dépôts)...
Et puis l'enseignant qui s'occupe des oxygraphes n'est pas là. Morgane commence les tests, pour finalement qu'on lui dise "faudra recommencer lundi quand il y aura un enseigant !". Bla bla bla...

Puis l'après-midi, faut lyser les cellules. 5 culots à foutre en l'air ! 1h30 de vortex. Remake des Temps Modernes de Charles Chaplin. Après les 8 culots de la veille (soit 12 lyses en 2 jours), je crois que je vais finir par avoir des tics "vortexeurs". VrrrrrrVrrrrVrrrrrrrrrrrrrr...!!! Activité hautement intellectuelle ! Surtout que le taux de destruction neuronale ne doit pas être si infime que ça, au final ! La biologie est une activité à risques. Après la lyophilisation, l'abrutissage. On se demande presque ce qui est le plus lysé, les levures OU mes neurones... ;)

Et puis, hum, cette bonne odeur de levure ! Certains vous dises "tu sens le pain". Les bonnes âmes dirons "tu sens la bière". Je préfère le pain. Puis, comment justifier à quelqu'un qui ne sait rien de vos activités universitaires que si vous sentez "la bière", c'est pas parce que vous passez votre temps à EVE, mais parce que vous passez vos journées entouré de levures répondant au doux nom de Saccharomyces cerevisiae !!! PÔvre de nous... ;p
Sinon, autre activité prise de temps. Le dosage microBCA. Une activité où vous tentez désespéremment à doser vos protéines. Et c'est au bout d'une heure que la coloration apparaît... Sacrilège ! Tout à reprendre, le dosage sature, faut encore diluer les échantillons ! :s Et là, vous vous dites, en regardant votre montre - 17h30 - pourvu que les profs ne m'oublie pas, moi, perdue au 3ème étage de ce bâtiment triste, en train de faire mon put*** de dosage microBCA !

pix : plaque multi-puits avec dosage microBSA. C'est beau, quand même...

quand on n'a pas de tête...

...on a des mains !

Surtout quand on doit recommencer 36.000 fois les solutions tampons et dilutions diverses ! Ou que l'on n'est pas fichue de faire un dosage de Bradford ! Illustration :

Gamme étalon avec la BSA (serum albumine bovine) foirée ! Dès la 3ème dilution on sature !

15 minutes plus tard... On lance les 20 minutes d'incubation de la "bonne" gamme de dilution (facteur 10 par rapport à la précédente) !

Donc voilà des tests d'activité qui commencent bien ! :s Mais ce n'est que le début ! Dans la même série : dilution de H2O2 de 1M à 15mM dans du tampon phosphate 1M au lieu de 50mM... Y a juste un petit problème de dilution... il manque juste un petit facteur de dilution de 20 ! :s

Mais tout va très très bien !

Et puis ces fichus tests d'activité où on galère pour comprendre comment fonctionne le programme "kinetics" ! Déjà le nom en lui même me fait froid dans le dos ! Brrr ! Et là, en très exactement quelques millièmes de seconde il faut mettre l'enzyme (ma très chère catalase purifiée à la sueur de nos fronts !) dans la cuve qui contient le fameux H2O2 15mM, mélanger, mettre dans le spectro et démarrer le programme ! Appelez-moi Wonder Woman ! Certains diront "Bah, c'est juste un coup de main à prendre !". Ben moi je peux vous dire qu'en plus du coup de main, il faut être ultra-concentré quite à mettre des boules quies et être plus rapide que l'éclair ! Mais bon, j'ai bien pris le "coup de main" je crois... ;)

Mais la bioch' ne s'arrête pas là ! Pour se mettre dans le bain, on a commencé par faire des gels de protéines. Facile ! Oui, quand les gels polymérisent. Quand ils ne polymérisent pas, c'est nettement plus galère !

Faire un gel ? Oh, il y en a pour même pas 2h entre le coulage du gel et le dépôt des échantillons. Il nous en a juste fallu le double ! Mais le résultat est là...

Bon, on a juste un peu pas compris pourquoi notre migration s'est arrêtée au milieu des gels et n'est pas allée jusqu'en bas alors qu'on a bien arrêtée l'électrophorèse quand le bleu de dépôt était en bas du gel ! Encore un des mystère de la science...

Seule satisfaction, notre enzyme est à peu près pure (dernière piste sur le gel du haut et pistes après le marqueur en très joli bleu ciel). La bande de plus haut poids moléculaire correspond effectivement à notre protéine (à un monomère plus exactement, puisque cette protéine est un homotétramère). La bande plus basse qui varie de la même manière doit être un produit de dégradation, mais cela doit bien mettre quelque chose en évidence sur la structure ? Question à creuser, donc...

entre les oreilles d'un cheval...

... souffle le vent de la liberté...

mais c'est du niveau seconde !!

DEB. Démarche expérimentale en biologie. Jours 1 et 2, et déjà la galère ! :(

Jour 1, mardi 18.11 ou comment perdre quelques heures :

Je suis ravie. J'avance vite sur mon petit vélo (fier destrier qui lui, au moins, ne me fait pas tomber !). Finalement je suis même en avance. J'ai hâte de prendre possession des labos, voir ce qui m'attend derrière cette façade austère... Quelques heures plus tard, j'aurai voulu que la journée ne commence jamais.

11h30. Les milieux complets sont prêts à être autoclavés pour les cultures liquides et agar des levures, petites choses que j'ai hâte de rencontrer.

13h. Le milieu d'induction pour la souche "pYES" (abus de langage, il s'agit d'une souche de levure transformée avec le gène de la catalase Ctt1 dans le plasmide pYES) est presque prêt à être filtré. IL nous manque juste 3 des 4 composants ! Pourquoi pas autoclavé ? Parce que c'est mieux de filtrer, que le Drop-Out (acides aminés) ne supporte pas l'autoclave. Bref. On obéit à Cécile Lelong qui nous livre cette information.

14h. On n'a pas réussit à trouver Cécile. Mais un autre enseignant est là. "Comment ? Pas d'autoclave ? Mais si, il faut autoclaver le YNB, puis vous rajouterez les solutions filtrées ensuite !". Soit. Nous retournons dans le labo. On recommence la solution, 400 ml dans un erlen de 2L. On apporte la solution à l'autoclave. Cécile Lelong est là. "Mais non, il faut filtrer et pas autoclaver !". L'autre enseignant arrive. Les 2 s'expliquent... Et ces reparti ! On nettoie l'erlen pour l'autoclaver vide et on refait le milieu à part ! Une fois de plus ou de moins... Et après on nous dit de ne pas gaspiller !!!!

18h. Enfin ! On touche au bout ! Fin de l'autoclave, l'erlen est suffisamment refroidit. Cécile Lelong nous filtre notre solution. Nous pouvons enfin ensemmencer notre grosse culture ! Ouf ! ;)

Jour 2, mercredi 19.11 ou comment se déshydrater par le stress :

La matinée commence bien. La veille nous avions ensemmencé, suffisamment faiblement, une autre culture de levure wild-type (wt) pour faire des prémanipes en phase exponentielle de croissance le lendemain matin (ce matin).

9h. DO600=0,45. Nickel ! :) On lance nos 4 bains-marie pour faire des chocs thermiques (HS) à différentes températures (37°C-40°C-45°C-50°C, plus le contrôle à 30°C), pendant 1 ou 2 h pour évaluer la survie de nos cellules est sélectionner la "meilleure température de HS" pour réaliser les manipes dans une semaine. Bref.

9h40. On aliquote nos levures dans des tubes eppendorfs 1.5 ml. On envoie les chocs thermiques.

10h30. Panique. Comment on passe de la DO au nombre de cellules ? Et comment savoir les dilutions à faire pour réaliser le comptage en goutte pour évaluer la survie ??? Déshydratation=-1L d'eau. On croise l'enseignant de la veille. "Je ne vois pas ce qu vous pose problème ?! C'est un calcul du niveau 2de !". Déshydratation=-2L d'eau.

Nous ne sommes guère avancées. Bien, on va faire des dilutions simples, comme s'il s'agit de concentrations. Comment on fait une dilution ? Comment on passe de 4,5 millions de cellules par ml à 5 cellules dans 5µl ??? Déshydratation=critique ! Sueurs froides, la bouche pâteuse, le cerveau... le quoi ? Les mains moites et qui tremblent ! Ca va être pratique pour déposer des gouttes de 5 µl !!!!!

Finalement, on finira par parvenir à faire nos bêtes dilutions de niveau 2de ! On déposera nos goutte sur nos petites boîtes de milieu agar. Et une série à pein fini, on rempile sur la 2ème.

Je suis lyophilysée...

12h. Ouf. Une chose de faite. Bien ? Heu ? Disons que c'est fait, on y réfléchira après mangé...

On revient sur notre problème de niveau 2de. En fait, c'est bête comme chou. Fichu stress ! En tout cas, on saura (bien ?) comment faire pour la prochaine fois, en espérant que ce ne soit pas pour recommencer nos prémanipes mains bien pour nos manipes !

envie d'ailleurs...

Nouvelle-Zélande.

Un déclic, comme ça, allez savoir pourquoi. Et pourquoi pas moi ? Une idée qui m'est apparue comme une évidence il n'y a pas si longtemps que ça. Du fond de mon canapé, devant cette TV décidément trop petite pour son grand meuble, l'idée m'est apparue comme une évidence. Nouvelle-Zélande. Souvenir d'un pays magnifique, entre mer et glacier. Souvenir de super vacances, il y a... longtemps, sur une île magique. Des paysages à couper le souffle, des lacs immenses dans lesquels se reflètent les glaciers gris, bleus, blancs. Souvenir d'un petit cours d'eau à côté du quel on avait arrêté le camping-car, souvenir d'un matin avec papa, les fesses dans l'eau, une casserole et un poêle à la main, se prenant pour ses chercheurs d'or d'Arrowtown. Souvenirs de moments magiques, dans un pays magique.

L'évidence que j'y retournerai. Et si je prenai un an ? quand ? après mon master ? Et si je prenai un an pour aller là-bas, bosser, étudier, que sais-je ? L'idée n'est qu'à son état embryonnaire, elle demande à grandir, mûrir, se réfléchir.

Peut être que je vais changer d'avis sous peu, peut être que le rêve d'ailleurs va s'évanouir comme il est arrivé. Comme une évidence.

les surprises de la recherche

Parce que je suis trop heureuse. Parce que la vie réserve parfois d'agréable surprises. Parce que j'ai l'impression que tout va bien en ce moment. Parce que j'ai l'impression d'avoir contribué à quelque chose cet été au LPCV sous la houlette de Gilles Curien. ;)

J'ouvre ma boîte mails il y a 40 min. Vous avez un nouveau mail. Gilles Curien. Tiens ? les surprises de la recherche... J'ouvre. Quelques minutes plus tard, le temps de réaliser, de relire le mail pour être sûre. Je saute de JOIE. J'ai contribué à quelque chose ! J'ai contribué à l'avancée de la recherche !

N'ayant pas le droit de révéler quoi que ce soit sur mes travaux réaliser cet été, j'ai codé les mots essentiels. Ainsi, ***ase représente une activité enzymatique, et ¤¤¤ase en représente une autre. De même, Atxgy et Atwgz représentent des nom de protéines, Atxgy est celle sur laquelle j'ai travaillé cet été.

mail reçu tout à l'heure

Un étudiant en thèse travaille sur la ***ase de plante pour laquelle il n'y avait jusqu'à vendredi aucun AGI identifié. Cette enzyme est pourtant essentielle chez les plantes puisqu'elle fournit la totalité des précurseurs pour la synthèse [de certains] acides aminés. Notre thésard a purifié l'enzyme à partir de cellules d'Arabidopsis et a fait faire une analyse par spectre de masse de la fraction la plus pure. Parmi la dizaine de protéines identifiées on retrouve l'Atxgy et l'Atwgz et deux autres enzymes. Afin d'exclure la possibilité que ces enzymes soient des ***ases notre ami les a mis dans un spectro....et là surprise, l'Atxgy a bien une activité ***ase... foudroyante ! cela explique pourquoi l'activité ¤¤¤ase que nous avions détecté était si faible. Il s'agit en fait d'une activité résiduelle. De la torres et al se sont "trompés"... l'avantage pour notre étudiant est que son enzyme est déjà clonée et les conditions d'expressions mises au point ! ... Tu peux donc attendre un papier dans lequel ton nom figurera en 2009 !

Voilà, je suis heureuse ! C'est compréhensible !

spécial dédicasse

Parce que Morgane est fan de Merlin l'enchanteur et d'un certain "mais madame, mais madame !" ;)

ma naine, ma têtue

Petite jument grise rouanée. Petites jambes, petits sabots, petits naseaux... Pas le premier prix de beauté, pas d'origine constatée, encore moins de race... Petites foulées, pas un grand cheval de dressage... Petite jument, petite tout, mais un coeur tellement grand !
3 voyelles et 3 consonnes. C'est le petit nom de Malega.

Je l'ai montée une fois en début d'année. On s'est bien entendue. Je l'ai reprise. Je l'ai adorée. Maintenant, je la monte tous les jeudi. Parce que l'équitation doit rester un plaisir. Et que mon plaisir à moi, c'est de profiter de l'instant présent quand on ne sait pas ce qui arrivera demain. Alors je monte et re-monte Malega tant que je peux. Je crains que cela ne dure pas. J'en profite tant que je peux. Je monte, je me fais plaisir, c'est l'essentiel. Le reste ne m'atteint même pas...

pix' : la "têtue" à l'air de pansage, jeudi 6.11 avant la reprise...

parce que ça fait du bien...

... d'avoir des nouvelles de lui !

Lui, c'est Topside, mon n'amour de cheval que j'ai eu un peu à moi pendant 8 mois. Jeune cheval à l'époque, incapable de marcher au pas sur la piste du manège. Cheval aux allures aériennes. Cheval magnifique.
J'ai du m'en séparer quand il a été vendu. :'(
Mais heureusement, une jeune cavalière à pris la suite depuis peu de temps. Je crois que ce cheval n'a pas toujours été heureux une fois qu'il a été racheté, jusqu'à ce qu'il prenne place dans le coeur d'Emeline.
Emeline qui me donne des nouvelles régulièrement de ce petit cheval bai tellement têtu qu'il en est attachant.
Merci Emeline. Puisse ce petit cheval t'apporter autant de bonheur qu'il m'en a apporté à moi !

pix' : Emeline et Topside sur le cross (maintenant que le cross du Mindoubé a un peu été réhabilité ! mdr)

usa

Un tournant pour la politique état-unienne :

Barack Obama, premier président noir à la Maison Blanche !

Une nette victoire avec 52% des voix contre 47% à son adversaire républicain McCain.

God Bless Obama ;)

oh my god !

But, what is it ?...

Craquage, pour pas changer. Rainbow papaya qui prend la tête par moment... Je m'explique. Avec Morgane, on cherche des info pour notre études de cas. Mais là, on sèche. Alors on se dit, enfin Morgane, on va envoyer un mail à un chercheur sur le sujet. En anglais of course !

Et là, Morgane m'envoie le mail qu'elle a tapé. Mais juste le mail, y a pas d'explication sur ce que c'est. Alors je lui répond "Oh my god ! But what is it ? some joke ?" En fait, en lisant Dear Sir, je me suis dite que ça y est, ma binôme a craquer ! Puis en lisant la suite, je me suis faite une autre idée de la chose ! ;)

A cette annecdote de la soirée s'ajoute celle d'hier ! Cours de Biotechnologies. Premier cours avec Jean Viallet, l'autre avec YM (trop compliqué à écrire le nom !). Et là, c'est le drame ! YM qui nous lance (j'étais en train de discuter avec Jean Viallet) un truc du genre "elle tient un blog, ça balance sur certains profs ! Moi ça va, mais Michel Herzog vaut mieux pas qu'il lise !" Et là mon sang ne fait qu'un tour ! :s J'ai oublié de supprimer l'adresse blog de ma signature en bas de mes mails quand j'ai du envoyer un mail à YM (un peu lourd la synthaxe de cette phrase...) ! Là dessus, YM qui me fait "mais sinon, il est bien ton blog !".

Quelque part, je me dis que heureusement, c'est sur lui que c'est tombé ! Cela aurait pu être pire (en espérant que ce ne soit pas le cas) ;p